Una de las diferencias que no se tiene suficientemente clara es la de filosofía de la religión, ciencias de la religión y teología. Debido a dicha confusión en los centros académicos se les exige tanto a la filosofía de la religión como a las ciencias de la religión el que asuman los presupuestos de la teología. Esto sucede especialmente de la demanda que hacen algunos teólogos a quienes se dedican a las otras dos disciplinas.

La filosofía consiste en la actividad de filosofar, es decir, el pensar libremente teniendo como exigencias las reglas de la lógica. Pero, además, dicha disciplina versa sobre diferentes objetos. En el caso de la filosofía de la religión, el objeto es la religión misma y asume como pricipio de su propio proceder la misma libertad de pensar.

En el caso de las ciencias de la religión, estas asumen a la religión como su objeto de estudio y asumen como supuestos los puntos de partida de sus propias disciplinas. Además, recurren a las metodologías propias de sus propios campos académicos. Así tenemos la historia de la religión, la sociología de la religión, la psicología de la religión, la antropología de la religión, entre otras.

El caso de la teología la cuestión es diferente. En tanto disciplina académica asume como presupuesto la misma religión y recurre a la mediación de otras disciplinas para poder encontrar sus múltiples metodologías de trabajo.

El problema aparece cuando se confunden los presupuestos entre las diferentes disciplinas y algunos teólogos exigen tanto a la filosofía como a las ciencias de la religión partir de la religión como supuesto. O, se incorpora dentro de la teología aproximaciones científicas que tienen como punto de partida supuestos de esas disciplinas. Así, se puede levantar las siguientes preguntas: ¿la historia de la Iglesia es teología o historia? O ¿se debe exigir a la filosofía de la religión asumir los presupuestos de la teología o de las ciencias sociales?